mysqldの起動オプションを変更する
たぶんCentOSとかだと
/etc/rc.d/init.d/mysqld
ubuntuは慣れてないのでデフォルトかどうかわからないが
LAMPを簡単構築出来るあれでインストールしたときは
# vi /etc/init.d/mysql
みたいだけど、--logオプションを設定しようと思ったけどどうもそれらしい場所がわからないし
my.cnfに設定して再起動しただけでログはとれてるようだ。
via
http://ijo.cc/it/ja/server/mysql-log-rotate/
http://itchronicle.com/2012/10/20/63